Der Hauptunterschied zwischen Nick-Translation und End-Filling besteht darin, dass Nick-Translation ein Prozess ist, der markierte DNA-Sonden für verschiedene Hybridisierungsreaktionen erzeugt, während End-Filling eine Technik ist, die stumpfe Fragmente erzeugt, indem Nukleotide in einzelsträngige Überhänge eingefügt werden.
Nick Translation und End Filling sind zwei Techniken, die in der Molekularbiologie verwendet werden. Die Nick-Translation wird zur Markierung von Sonden für die Hybridisierung verwendet, um spezifische Nukleotidsequenzen nachzuweisen. End Filling wird verwendet, um stumpfe Fragmente herzustellen, die klebrige Enden mit einzelsträngigen Überhängen hatten. Beide Techniken sind von großer Bedeutung und werden routinemäßig in Molekularforschungslabors durchgeführt.
Was ist Nick Translation?
Nick-Translation ist eine wichtige Technik zur Herstellung markierter Sonden für verschiedene molekularbiologische Techniken wie Blotting, In-situ-Hybridisierung, Fluoreszenz-In-situ-Hybridisierung usw. Es ist eine In-vitro-Methode zur DNA-Markierung. DNA-Sonden werden verwendet, um spezifische DNA- oder RNA-Sequenzen zu identifizieren. Mit Hilfe einer markierten Sonde können spezifische Fragmente aus einem komplexen Nukleinsäuregemisch markiert oder sichtbar gemacht werden. Daher werden markierte Sonden unter Verwendung verschiedener Techniken hergestellt. Die Nick-Translation ist eine solche Methode, die mit Hilfe von DNase 1- und DNA-Polymerase 1-Enzymen markierte Sonden produziert.
Abbildung 01: Nick Translation
Der Nick-Translationsprozess beginnt mit der DNase-1-Enzymaktivität. DNase 1 fügt Nicks in das Phosphatrückgrat doppelsträngiger DNA ein, indem sie Phosphodiesterbindungen zwischen Nukleotiden sp altet. Sobald der Nick erstellt ist, wird die freie 3'-OH-Gruppe des Nukleotids produziert und das Enzym DNA-Polymerase 1 wirkt darauf ein. 5′-3′-Exonuklease-Aktivität der DNA-Polymerase 1 entfernt Nukleotide vom Nick in Richtung 3′-Richtung des DNA-Strangs.
Gleichzeitig arbeitet die Polymerase-Aktivität des DNA-Polymerase-1-Enzyms und fügt Nukleotide hinzu, um die entfernten Nukleotide zu ersetzen. Wenn die Nukleotide markiert sind, erfolgt der Austausch durch die markierten Nukleotide und markiert die DNA zur Identifizierung. Schließlich kann diese neu synthetisierte markierte DNA als Sonde in verschiedenen Hybridisierungsreaktionen verwendet werden.
Was ist Endfüllung?
End Filling ist eine Technik, die in der Molekularbiologie verwendet wird, um stumpfe Fragmente herzustellen. Beim Restriktionsverdau entstehen Fragmente mit Überhängen. Diese Fragmente sind möglicherweise nicht kompatibel, um in Plasmidvektoren zu ligieren. Vektoren werden oft abgestumpft, damit nicht kompatible Enden verbunden werden können. Daher können Fragmente mit Überhängen abgestumpft werden, indem die Nukleotide an den komplementären Strang angefügt werden, wobei der Überhang als Matrize für die Polymerisation verwendet wird. Dieser Vorgang wird als Endfüllung bezeichnet.
DNA-Polymerasen wie das Klenow-Fragment der DNA-Polymerase I und die T4-DNA-Polymerase katalysieren die Endfüllung. Sie fügen Nukleotide zum Auffüllen hinzu (5′ → 3′) und kauen zurück (3′ → 5′). Sobald die klebrigen Enden gefüllt sind, werden sie stumpf und können in einen Vektor ligiert werden.
Außerdem kann Endfilling verwendet werden, um DNA-Moleküle zu markieren. Es kann jedoch nur verwendet werden, um DNA-Moleküle mit klebrigen Enden zu markieren. Im Vergleich zur Nick-Translation ist End Filling eine schonendere Methode, die selten zu DNA-Brüchen führt.
Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Nick Translation und End Filling?
- Sowohl Nick Translation als auch End Filling sind molekularbiologische Techniken.
- Sie können zur Markierung von Sonden verwendet werden.
- Beide sind in vitro
Was ist der Unterschied zwischen Nick Translation und End Filling?
Nick-Translation ist eine Technik, die markierte Sonden für die Hybridisierung erstellt. Im Gegensatz dazu ist End Filling eine Technik, die stumpfe Fragmente für die Ligation in Vektoren erzeugt. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen der Nick-Übersetzung und der Endfüllung. Darüber hinaus erfordert die Nick-Translation die Verwendung von 5'-zu-3'-Exonuklease-Aktivität, während die Endfüllung keine 5'-zu-3'-Exonuklease-Aktivität erfordert.
Die folgende Infografik listet die Unterschiede zwischen der Übersetzung von Nicknamen und dem Ausfüllen des Endes detaillierter auf.
Zusammenfassung – Nick Translation vs End Filling
Nick-Translation ist eine Methode, die radioaktiv markierte Nukleotide in DNA einbaut. Es synthetisiert markierte Sonden basierend auf den Aktivitäten der Enzyme DNase 1 und E. coli DNA-Polymerase 1. End Filling hingegen ist eine Technik, die stumpfe Fragmente erzeugt. Wenn die Fragmente klebrige Enden (einzelsträngige Überhänge) haben, ist es notwendig, sie zu stumpfen Enden zu machen, um sie in Vektoren zu ligieren. End Filling fügt kompatible Nukleotide hinzu und erzeugt stumpfe Endfragmente, um sie für die Ligation kompatibel zu machen. Somit fasst dies den Unterschied zwischen Nick Translation und End Filling zusammen.
