Der Hauptunterschied zwischen ITS1 und ITS2 besteht darin, dass ITS1 eine Spacer-DNA ist, die sich zwischen den 18S- und 5.8S-rRNA-Genen in Eukaryoten befindet, während ITS2 eine Spacer-DNA ist, die sich zwischen den 5.8S- und 28S-rRNA-Genen in Eukaryoten befindet.
Interner transkribierter Spacer (ITS) ist die Spacer-DNA, die sich normalerweise zwischen kleinen ribosomalen RNA-Untereinheiten und großen ribosomalen RNA-Genen im Chromosom oder in der entsprechenden transkribierten Region im polycistronischen rRNA-Vorläufer-Transkriptmolekül befindet. In Bakterien und Archaeen gibt es nur einen einzigen ITS zwischen 16S- und 23S-rRNA-Genen. Aber in Eukaryoten gibt es zwei ITS-Spacer-DNA: ITS1 (zwischen 18S und 5.8S-rRNA-Gene) und ITS2 (zwischen 5.8S- und 28S-rRNA). Daher sind ITS1 und ITS2 zwei Spacer-DNAs, die zwischen rRNA-Genen in Eukaryoten gefunden werden.
Was ist ITS1?
ITS1 ist eine Spacer-DNA, die sich in Eukaryoten zwischen den 18S- und 5.8S-rRNA-Genen befindet. ITS bezieht sich auf ein Stück nicht-funktionale Spacer-DNA, das sich zwischen rRNA-Genen befindet. ITS1 hat eine größere Längenvariation als ITS2. Die Längenvariation von ITS1 beträgt ungefähr (200-300 bp). ITS-Marker wie ITS1 haben ihre Effizienz bei der Aufklärung phylogenetischer Beziehungen zwischen verschiedenen Taxa bewiesen. Darüber hinaus ist ITS1-Spacer-DNA weniger konserviert als ITS2-Spacer-DNA. ITS1-Strukturen werden nur in viel kleineren taxonomischen Einheiten konserviert. Jeder eukaryotische ribosomale Cluster enthält auch Regionen, die als externe transkribierte Spacer (5’- und 3’-ETS) bezeichnet werden.
Abbildung 01: ITS1-Region
Die ITS1-Spacer-DNA liegt sehr nahe am 5’extern transkribierten Spacer (5’-ETS). Wenn außerdem jemand die ITS1-Region für phylogenetische Verwandtschaftsstudien amplifizieren möchte, muss er zu diesem Zweck ein spezifisches Primerpaar (Reverse- und Forward-Primer) verwenden. Um die ITS1-Region zu amplifizieren, werden normalerweise zwei Primersätze in den PCR-Protokollen von Labors verwendet. Sie sind ITS1 vorwärts und ITS2 rückwärts oder ITS1 vorwärts und ITS4 rückwärts.
Was ist ITS2?
ITS2 ist eine Spacer-DNA, die sich in Eukaryoten zwischen den 5.8S- und 28S-rRNA-Genen befindet. Die ITS2-Region hat eine kürzere Längenvariation als die ITS1-Region. Die Längenvariation von ITS2 beträgt ungefähr (180–240 bp). Die ITS2-Region ist jedoch in vielen taxonomischen Einheiten konservierter als die ITS1-Region. Es identifiziert, dass alle ITS2-Sequenzen einen gemeinsamen Kern der Sekundärstruktur teilen. Darüber hinaus sind 40 % der ITS2-Region unter allen Angiospermen konserviert, während es möglich ist, 50 % der ITS2-Region über die Familie und höhere Ebenen hinweg auszurichten.
Abbildung 02: ITS2-Region
Unabhängig vom Umfang der Konservierung ist die Verwendung der ITS2-Region ebenso sehr beliebt wie die ITS1-Region in phylogenetischen Verwandtschaftsstudien, insbesondere beim Pilz-DNA-Barcoding. Zur Amplifikation der ITS2-Region wird in den PCR-Protokollen von Labors im Allgemeinen ein spezifischer Primersatz verwendet. Das ist ITS1 vorwärts und ITS4 rückwärts. Aber wenn das PCR-Protokoll diesen Primersatz verwendet, amplifiziert es auch die ITS1-Region zusammen mit der ITS2-Region. Darüber hinaus ist die ITS2-Spacer-DNA dem 3’extern transkribierten Spacer (3’-ETS) sehr nahe.
Ähnlichkeiten zwischen ITS1 und ITS2
- ITS1 und ITS2 sind zwei Spacer-DNAs, die sich zwischen rRNA-Genen befinden.
- Sie kommen nur in Eukaryoten vor.
- Beide können durch Verwendung spezifischer Primerpaare amplifiziert werden.
- Beide werden bei der rRNA-Reifung als nicht funktionelle Nebenprodukte herausgeschnitten.
- Beide sind sehr wichtig für phylogenetische Verwandtschaftsstudien, insbesondere beim Pilz-DNA-Barcoding.
Unterschied zwischen ITS1 und ITS2
ITS1 ist eine Spacer-DNA, die zwischen den 18S- und 5.8S-rRNA-Genen in Eukaryoten vorhanden ist, während ITS2 eine Spacer-DNA ist, die sich zwischen den 5.8S- und 28S-rRNA-Genen in Eukaryoten befindet. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen ITS1 und ITS2. Darüber hinaus weist ITS1 im Vergleich zu ITS2 eine größere Längenvariation auf. Andererseits hat ITS2 im Vergleich zu ITS1 eine kürzere Längenvariation. Dies ist ein weiterer Unterschied zwischen ITS1 und ITS2.
Die folgende Infografik listet die Unterschiede zwischen ITS1 und ITS2 in tabellarischer Form zum direkten Vergleich auf.
Zusammenfassung – ITS1 vs. ITS2
Interne transkribierte Region (ITS) ist ein nicht-funktionelles Stück Spacer-DNA, das sich zwischen rRNA-Genen befindet. Bei Bakterien und Archaeen gibt es nur eine einzige ITS-Region. Aber in Eukaryoten gibt es zwei ITS-Regionen: ITS1 und ITS2. ITS1 ist eine Spacer-DNA, die sich in Eukaryoten zwischen den 18S- und 5.8S-rRNA-Genen befindet, während ITS2 eine Spacer-DNA ist, die sich in Eukaryoten zwischen den 5.8S- und 28S-rRNA-Genen befindet. Dies ist also die Zusammenfassung des Unterschieds zwischen ITS1 und ITS2.
