Der Hauptunterschied zwischen Contig und Gerüst besteht darin, dass ein Contig keine Lücken hat, während ein Gerüst aus Contigs und Lücken besteht.
Die Genomsequenzierung vielzelliger Organismen ist im Vergleich zur Sequenzierung einzelliger Organismen sehr schwierig. Die Shotgun-Sequenzierung des gesamten Genoms ist eine einfache und schnelle Genomsequenzierungstechnik für mehrzellige Genome. Es ist eine Methode, bei der viele überlappende DNA-Fragmente parallel sequenziert werden. Bei diesem Verfahren werden kleine Fragmente mithilfe eines Computers zu größeren Fragmenten und dann zu größeren Contigs zusammengesetzt. Dann werden die Contigs zu Gerüsten und schließlich zu einem Chromosom zusammengesetzt. Daher ist Contig ein kontinuierlicher Abschnitt von Nukleotidsequenzen, während Scaffold ein Teil des Genoms ist, das aus Contigs und Lücken besteht. Sowohl Contig als auch Scaffold sind rekonstruierte genomische Sequenzen.
Was ist Contig?
Contig ist eine genomische Sequenz. Es ist ein kontinuierlicher Abschnitt von Sequenzen, die aus A-, C-, G- und T-Basen bestehen. Es wird gebildet, indem mehrere kleine überlappende DNA-Stücke zu einer längeren Sequenz zusammengesetzt werden. In einfachen Worten ist Contig eine Ansammlung einer Reihe von Sequenzfragmenten. Die Contig-Erzeugung beinh altet die Identifizierung überlappender Sequenzfragmente basierend auf lokalen String-Matching- und Alignment-Methoden, die überlappende Enden der Sequenzen identifizieren.
Contigs haben keine Lücken. Es ist ein Teil eines Gerüsts. Contigs werden beim Erstellen eines Gerüsts miteinander verkettet. Es erfordert zusätzliche Informationen über die relative Position und Orientierung der Contigs im Genom. Die Lücken trennen Contigs in einem Gerüst. Grundsätzlich ist die Contig-Assemblierung ein wichtiger Schritt bei der Shotgun-Sequenzierung des gesamten Genoms. Contigs werden schließlich zu einer vollständigen genomischen Sequenz zusammengesetzt. Die Contig-Assemblierung erfordert typischerweise das Verständnis von Algorithmen für String-Matching und Sequenz-Alignment.
Was ist ein Gerüst?
Ein Gerüst ist eine rekonstruierte genomische Sequenz aus endsequenzierten Shotgun-Klonen mit dem gesamten Genom. Strukturell besteht ein Scaffold aus Contigs und Gaps. Daher werden Gerüste erstellt, indem Contigs miteinander verkettet und durch Lücken getrennt werden. Die Gerüstbildung benötigt Informationen über die relative Position und Orientierung der Contigs im Genom. Whole-Genome Shotgun Assembly zielt darauf ab, jede genomische Sequenz in einem Gerüst darzustellen. Aber es ist nicht ganz möglich. Daher kann ein Chromosom durch mehrere Gerüste repräsentiert werden. Gerüste können sich manchmal überlappen. Außerdem können einige Gerüste während der Montage herausgefiltert werden.
Abbildung 02: Überblick über die Gesamtgenom-Shotgun-Assemblierung
Die Länge einer Gerüstlücke entspricht nicht ihrer wahren Länge. Im Allgemeinen werden Lücken willkürlich auf bestimmte feste Längen eingestellt. Daher verursachen diese Lücken und Unsicherheiten in ihrer Länge Probleme beim Verständnis der wahren räumlichen Beziehungen funktioneller Elemente in Genomen und des tatsächlichen Ausmaßes fehlender Informationen. Manchmal stellen Lücken fehlende genomische Informationen dar.
Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Contig und Scaffold?
- Contig und Gerüst sind genomische Sequenzen, die aus Nukleotidsequenzen bestehen.
- Gerüste bestehen aus Contigs und Gaps.
Was ist der Unterschied zwischen Contig und Scaffold?
Ein Contig ist eine kontinuierliche Sequenz, die aus einem Satz von Sequenzfragmenten zusammengesetzt ist. Im Gegensatz dazu ist ein Gerüst ein Teil der genomischen Sequenz, der durch Verkettung von Contigs rekonstruiert wird. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen Contig und Scaffold. Darüber hinaus haben Contigs keine Lücken, während Contigs in einem Gerüst durch Lücken getrennt sind.
Die folgende Infografik listet weitere Unterschiede zwischen Contig und Scaffold auf.
Zusammenfassung – Contig vs Scaffold
Sowohl Contig als auch Scaffold sind rekonstruierte Nukleotidsequenzen in Projekten zur Sequenzierung des gesamten Genoms. Contig ist ein kontinuierlicher Abschnitt einer genomischen Sequenz, der A-, C-, G- und T-Basen ohne Lücken enthält. Das Gerüst ist eine genomische Sequenz, die aus Contigs und Gaps besteht. Daher sind die kürzesten Baugruppenkomponenten Contigs, während die Gerüste Assemblagen von Contigs sind. Schließlich werden die Gerüste in der Gesamtgenomsequenzierung zu Chromosomen zusammengesetzt. Somit fasst dies den Unterschied zwischen Contig und Scaffold zusammen.
