Der Hauptunterschied zwischen Zufallsprimern und Oligo-dT besteht darin, dass der Zufallsprimer eine Mischung aller möglichen Hexamer-Oligonukleotidsequenzen ist, während der Oligo-dT-Primer aus einem einzelsträngigen Abschnitt von 12–18 Desoxythymidinen besteht.
Reverse Transkription ist ein Mechanismus, bei dem cDNA unter Verwendung von mRNA oder einer beliebigen RNA-Spezies synthetisiert werden kann. Um cDNA herzustellen, sollten Reverse-Transkriptase-Enzyme und andere notwendige Komponenten bereitgestellt werden, insbesondere Matrize und Primer. Primer sind die kurzen DNA-Sequenzen, die speziell für die Amplifikation der Zielsequenzen entwickelt wurden. Zufällige Primer und Oligo-dT-Primer sind zwei übliche Arten von Primern, die bei der reversen Transkription verwendet werden. Daher sind Zufallsprimer oder Oligo-dT-Primer kurze DNA-Oligonukleotidsequenzen, die für die reverse Transkriptase erforderlich sind, um die reverse Transkription zu initiieren. Je nach RNA-Template kann aus diesen beiden Primer-Typen der passende Primer ausgewählt werden.
Was sind zufällige Primer?
Random-Primer ist eine Mischung aus Oligonukleotiden, die alle möglichen Hexamersequenzen darstellen. Die Primersequenz des Zufallsprimers ist 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T oder C. Daher können Zufallsprimer für die Amplifikation von einzelsträngiger DNA oder RNA durch DNA-Polymerase oder reverse Transkriptase verwendet werden, beziehungsweise. Außerdem ist eine Random-Primer-Mischung in der Lage, alle Regionen der RNA zu amplifizieren, um cDNA zu erzeugen. Daher produziert es verschiedene Längen von cDNA.
Abbildung 01: Zufällige Primer
Am wichtigsten ist, dass die Random-Primer-Mischung keine Template-Spezifität zeigt. Es ist nicht in der Lage, mRNA und andere RNA-Spezies zu unterscheiden. Und es hybridisiert mit jeder RNA-Spezies in der Probe. Random-Primer-Mischung eignet sich jedoch für die reverse Transkription von RNAs ohne Poly(A)-Schwänze, wie z. B. rRNA, tRNA, nicht kodierende RNAs, kleine RNAs, prokaryotische mRNA usw., degradierte RNA und RNA mit bekannten Sekundärstrukturen.
Was ist Oligo dT?
Oligo dT-Primer ist eine Strecke von 12 – 18 Desoxythymin (dT). Die Primersequenz kann als 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 dargestellt werden. Es wird zur Herstellung von cDNA aus mRNA verwendet, die einen Poly(A)-Schwanz enthält. Grundsätzlich wirkt es als Primer für die durch Reverse Transkriptase katalysierte Reaktion. Während der reversen Transkription verbindet sich der Oligo-dT-Primer mit dem polyadenylierten Schwanz, der am 3´-Ende der meisten eukaryotischen mRNAs zu finden ist, und startet den Prozess.
Abbildung 02: Reverse Transkription mit Oligo dT Primer
Im Gegensatz zu zufälligen Primern ist der Oligo-dT-Primer nicht für degradierte RNA oder RNA ohne Poly(A)-Schwänze geeignet, einschließlich prokaryotischer RNA und microRNA.
Was sind die Ähnlichkeiten zwischen zufälligen Primern und Oligo dT?
- Random-Primer und Oligo-dT-Primer sind zwei Arten von Primern, die bei der reversen Transkription und der Herstellung von cDNA verwendet werden.
- Die gemeinsame Verwendung des Random-Primers und des Oligo-dT-Primers erhöht die Empfindlichkeit der cDNA-Synthese.
- Es handelt sich um einzelsträngige kurze Nukleotidsequenzen.
Was ist der Unterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo dT?
Zufälliger Primer ist eine kurze Oligonukleotidsequenz, die aus einer zufälligen Sequenz besteht. Der Oligo-dT-Primer hingegen ist ein kurzer Strang, der aus 12 bis 18 Desoxythymidinen besteht. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo-dT. Die Sequenz des zufälligen Primers ist 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T oder C. Die Sequenz des Oligo-dT-Primers ist 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Daher können wir dies als einen weiteren Unterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo-dT betrachten.
Darüber hinaus zeigen Zufallsprimer keine Template-Spezifität und lagern sich mit jeder Art von RNA an, während Oligo-dT-Primer Spezifität für Poly(A)-Schwänze von eukaryotischer mRNA zeigen.
Die folgende Infografik fasst den Unterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo-dT zusammen.
Zusammenfassung – Zufällige Primer vs. Oligo dT
Random-Primer und Oligo-dT-Primer sind zwei Arten von Primern, die bei der cDNA-Synthese verwendet werden. Der Random-Primer besteht aus einer Mischung von Oligonukleotiden, die alle möglichen Hexamersequenzen darstellen, während der Oligo-dT-Primer eine einzelsträngige Sequenz von 12 bis 18 Desoxythymidinen ist. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen zufälligen Primern und Oligo-dT. Außerdem sind Oligo-dT-Primer für die reverse Transkription von RNA mit Poly(A)-Schwanz in voller Länge nützlich, während Zufallsprimer für die reverse Transkription der meisten RNA-Spezies nützlich sind, einschließlich degradierter RNA, RNA ohne Poly(A)-Schwanz und RNA, die RNA enthält sekundäre Strukturen. Daher zeigt der Random-Primer keine Template-Spezifität, während der Oligo-dT-Primer eine Spezifität gegenüber eukaryontischer mRNA zeigt, die einen Poly(A)-Schwanz enthält.
