Der Hauptunterschied zwischen BLAST und FastA besteht darin, dass BLAST ein grundlegendes Ausrichtungstool ist, das auf der Website des National Center for Biotechnology Information verfügbar ist, während FastA ein Ähnlichkeitssuchtool ist, das auf der Website des European Bioinformatics Institute verfügbar ist.
BLAST und FastA sind zwei Softwareprogramme, die weit verbreitet sind, um biologische Sequenzen von DNA, Aminosäuren, Proteinen und Nukleotiden verschiedener Arten zu vergleichen und nach ihren Ähnlichkeiten zu suchen. Diese Algorithmen wurden unter Berücksichtigung der Geschwindigkeit geschrieben. Denn als es Wissenschaftlern Mitte der 1980er Jahre gelang, DNA im Labor zu isolieren, entstand die Notwendigkeit, identische Gene für die weitere Forschung mit hoher Geschwindigkeit zu vergleichen und zu finden. Daher wurden diese beiden Softwares so entwickelt, dass Benutzer mit ihren Suchsequenzen schnell nach ähnlichen Sequenzen suchen können.
BLAST ist ein Akronym für Basic Local Alignment Search Tool und verwendet den lokalisierten Ansatz beim Vergleich der beiden Sequenzen. FastA ist eine Software, die sich auf Fast A bezieht, wobei A für All steht. Hier arbeitet die Software mit Alphabeten wie Fast A für die DNA-Sequenzierung und Fast P für Protein. Sowohl BLAST als auch FastA vergleichen sehr schnell jede Genomdatenbank und sind daher finanziell und zeitsparend sehr rentabel.
Was ist BLAST?
BLAST ist eine der am weitesten verbreiteten Bioinformatik-Software, die 1990 entwickelt wurde. Seitdem steht sie jedem am NCBI-Standort zur Verfügung. Darüber hinaus kann jede Person auf diese Software zugreifen und sie verwenden. Darüber hinaus ist BLAST eine Software, die Eingabedaten oder Sequenzen im FastA-Format benötigt. Es gibt jedoch Ausgabedaten im Klartext-, HTML- oder XML-Format aus. BLAST arbeitet nach dem Prinzip, nach lokalisierten Ähnlichkeiten zwischen zwei Sequenzen zu suchen und die ähnlichen Sequenzen kurz aufzulisten, und danach sucht es nach Nachbarschaftsähnlichkeiten.
Abbildung 01: BLAST-Ergebnisse
Daher sucht diese Software nach einer hohen Anzahl ähnlicher lokaler Regionen und gibt das Ergebnis bei Erreichen eines Schwellenwerts aus. Dieser Prozess unterscheidet sich jedoch von der früheren Software, die zuerst die gesamte Sequenz durchsucht und dann den Vergleich durchführt, und daher viel Zeit in Anspruch nahm.
Abgesehen von der oben genannten Ähnlichkeitsprüfung hat BLAST viele andere Verwendungszwecke, wie z. B. die DNA-Kartierung, den Vergleich zweier identischer Gene in verschiedenen Arten, die Erstellung eines Stammbaums usw.
Was ist FastA?
FastA ist eine Proteinsequenz-Alignment-Software. David J. Lipman und William R. Pearson beschrieben diese Software im Jahr 1985. Obwohl die anfängliche Verwendung dieser Software nur zum Vergleich der Proteinsequenzen bestand, war die modifizierte Version davon in der Lage, auch DNA-Sequenzen zu vergleichen. Dabei nutzt diese Software das Prinzip, die Ähnlichkeit zwischen zwei Sequenzen statistisch zu finden. Es vergleicht eine Sequenz der DNA oder des Proteins mit einer anderen Sequenz durch lokale Sequenzalignment-Methode.
Abbildung 02: FastA
Es sucht jedoch nach lokalen Regionen nach Ähnlichkeit, aber nicht nach der besten Übereinstimmung zwischen zwei Sequenzen. Da diese Software manchmal lokalisierte Ähnlichkeiten vergleicht, kann sie auch zu Diskrepanzen führen. In einer Sequenz übernimmt FastA einen kleinen Teil, der als k-Tupel bekannt ist, wobei die Tupel von 1 bis 6 reichen können und mit den k-Tupeln der anderen Sequenz übereinstimmen. Am Ende des Matching-Prozesses, wenn ein Schwellenwert erreicht wird, wird das Ergebnis ausgegeben.
Was sind die Ähnlichkeiten zwischen BLAST und FastA?
- BLAST und FastA sind Bioinformatik-Tools, die verwendet werden, um Protein- und DNA-Sequenzen auf Ähnlichkeiten zu vergleichen.
- Außerdem verwenden beide Programme eine Scoring-Strategie, um Vergleiche zwischen den Sequenzen anzustellen.
- Darüber hinaus liefern beide Tools sehr genaue Ergebnisse.
Was ist der Unterschied zwischen BLAST und FastA?
BLAST ist ein Werkzeug, um die Ähnlichkeit zwischen biologischen Sequenzen zu überprüfen. Andererseits ist FastA ein weiteres Programm, das die Ähnlichkeitsprüfung von Protein- und DNA-Sequenzen erleichtert. Im Vergleich zu FastA ist die BLAST-Software jedoch sehr beliebt, da sie genauere und schnellere Ergebnisse liefert. Daher ist dies der Unterschied zwischen BLAST und FastA. Darüber hinaus ist das BLAST-Programm im Gegensatz zu FastA den Bedürfnissen des Benutzers entsprechend modifizierbar. Daher ist dies ein weiterer Unterschied zwischen BLAST und FastA.
Die folgende Infografik zum Unterschied zwischen BLAST und FastA bietet weitere Details.
Zusammenfassung – BLAST gegen FastA
BLAST und FastA sind zwei Programme, die es dem Benutzer ermöglichen, seine Abfragesequenz mit den Sequenzen in den vorhandenen Datenbanken zu vergleichen und die Ähnlichkeiten zu überprüfen. Der ursprüngliche Zweck von FastA bestand darin, nur Proteinsequenzen zu vergleichen. Die modifizierte Version dieser Software erleichtert jedoch sowohl Protein- als auch DNA-Sequenzvergleiche. Obwohl FastA eine gute Software ist, verwenden die meisten Leute das BLAST-Ausrichtungstool, da es beliebter ist und genauere und schnellere Ergebnisse liefert als FastA. Außerdem ist das BLAST-Tool gemäß den Benutzeranforderungen modifizierbar. In Kürze fasst dies den Unterschied zwischen BLAST und FastA zusammen.
