Der Hauptunterschied zwischen dNTP und ddNTP besteht darin, dass dNTP oder Desoxyribonukleotide die Bausteine der DNA sind und eine 3'-OH-Gruppe an der Pentose-Zuckerstruktur haben, während ddNTP oder Didesoxynukleosidtriphosphate Nukleotide sind, denen die 3'-OH-Gruppe fehlt, und sie werden in der Sanger-Dideoxy-DNA-Sequenzierungstechnik verwendet, um DNA-Sequenzen unterschiedlicher Länge zu erzeugen.
dNTP und ddNTP sind Nukleotide. dNTP bezieht sich auf Desoxyribose-Nukleotide. Sie sind die Bausteine der DNA. dNTPs werden zur Synthese von DNA verwendet. dNTP hingegen bezieht sich auf Didesoxynucleosidtriphosphate. Sie werden bei der Sanger-Sequenzierung verwendet, um die DNA-Synthese bei unterschiedlichen Längen zu beenden. Ihnen fehlt die OH-Gruppe an der 3'-Position. An der Position 3' ist anstelle der OH-Gruppe ein Wasserstoff vorhanden. Daher sind ddNTPs nicht in der Lage, eine Phosphodiesterbindung mit dem nächsten Nukleotid einzugehen. dNTP ist in der Lage, die Synthese von DNA durchzuführen, während ddNTP in der Lage ist, die Polymerisation von DNA zu beenden.
Was ist dNTP?
dNTP steht für Desoxyribose-Nukleotid oder Desoxyribonukleotid. Es ist der Baustein der DNA. Es gibt vier Arten von dNTPs. Sie sind dATP, dTTP, dCTP und dGTP. Sie werden nach den Stickstoffbasen Purin oder Pyrimidin benannt: Adenin (A), Guanin (G), Thymin (T) und Cytosin (C).
Abbildung 01: dNTP
Adenin und Guanin sind Purinbasen, während Thymin und Cytosin Pyrimidinbasen sind. Der Pentosezucker von dNTP ist Desoxyribose. Es gibt auch eine Phosphatgruppe. Daher besteht dNTP aus drei Komponenten: einer stickstoffh altigen Base, Desoxyribose-Zucker und einer Phosphatgruppe. Diese dNTPs verbinden sich über Phosphodiesterbindungen miteinander. In dNTPs ist eine OH-Gruppe an Position 3' von Pentosezucker gebunden, die erforderlich ist, um eine Verbindung mit der Phosphatgruppe zu bilden, die an das 5'-Kohlenstoffatom des Zuckers des nächsten Nukleotids gebunden ist. Da alle dNTPs diese 3'-OH-Gruppe haben, sind sie in der Lage, DNA-Stränge zu synthetisieren und zu verlängern. Daher fungiert dNTP als grundlegende Wiederholungseinheit der DNA und der chemischen Materie von Genen. Die DNA-Synthese verläuft immer von 5ʹ nach 3ʹ.
Was ist DdNTP?
Sanger-Sequenzierung ist eine DNA-Sequenzierungsmethode der ersten Generation, die 1977 von Frederick Sanger und seinen Kollegen entwickelt wurde. Sie ist auch als Kettenabbruchsequenzierung oder Dideoxy-Sequenzierung bekannt, da das Grundprinzip dieser Methode der Kettenabbruch unter Verwendung von Didesoxynukleosidtriphosphaten ist (ddNTPs). ddNTPs sind Nukleotide, die bei der Sanger-Sequenzierung verwendet werden. Die Sanger-Sequenzierung basiert auf dem selektiven Einbau von ddNTPs und der Beendigung der DNA-Synthese während der in-vitro-DNA-Replikation. Die Besonderheit der ddNTPs besteht darin, dass ihnen die 3'-OH-Gruppe am Pentosezucker fehlt, um die Phosphodiesterbindungsbildung zwischen der Phosphatgruppe von 5' im benachbarten Nukleotid fortzusetzen. Sobald ein ddNTP an den verlängerten Strang gebunden ist, hört die Kettenverlängerung auf und endet an diesem Punkt. ddNTPs wirken als kettenverlängernde Inhibitoren der DNA-Polymerase während der Sanger-Sequenzierungsmethode.
Abbildung 02: ddNTP
Es gibt vier ddNTPs: ddATP, ddCTP, ddGTP und ddTTP, die bei der Sanger-Sequenzierung verwendet werden. Diese Nukleotide stoppen den DNA-Replikationsprozess, wenn sie in den wachsenden DNA-Strang eingebaut werden. Infolgedessen produziert die Sanger-Sequenzierung kurze DNA unterschiedlicher Länge. Kapillargelelektrophorese wird verwendet, um diese kurzen DNA-Stränge nach ihrer Größe auf einem Gel zu organisieren. ddNTPs sind radioaktiv oder fluoreszierend mit verschiedenen Farben markiert, um die Analyse der DNA-Sequenz zu erleichtern. Durch Analyse des Gels kann die Nukleotidsequenz des unbekannten DNA-Strangs bestimmt werden.
Was sind die Ähnlichkeiten zwischen dNTP und DdNTP?
- Bei der Sanger-Sequenzierung werden sowohl dNTP als auch ddNTP verwendet.
- Es gibt vier Arten von dNTPs und ddNTPs.
- Sie bestehen aus drei Komponenten: einer stickstoffh altigen Base, Desoxyribosezucker und Phosphatgruppen.
Was ist der Unterschied zwischen dNTP und DdNTP?
dNTP ist eine der vier Arten von Desoxyribonukleotiden, die Bausteine der DNA sind. ddNTP ist eine der vier Arten von Didesoxyribonukleosidtriphosphaten, die in der Sanger-Sequenzierungstechnik verwendet werden. dNTP hat eine 3'-OH-Gruppe am Pentosezucker, während ddNTP keine 3'-OH-Gruppe am Pentosezucker hat. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen dNTP und ddNTP. Darüber hinaus führen dNTPs eine DNA-Polymerisation durch, während ddNTPs die DNA-Polymerisation beenden. Daher ist dies ein weiterer wesentlicher Unterschied zwischen dNTP und ddNTP.
Die folgende Infografik listet die Unterschiede zwischen dNTP und ddNTP in tabellarischer Form auf.
Zusammenfassung – dNTP vs. DdNTP
Normale dNTPs sind Bausteine der DNA, während ddNTPs Nukleotide sind, die in der Sanger-Sequenzierungstechnik verwendet werden. dNTP hat 3'-OH, während ddNTP 3'-OH fehlt. Dies ist also der Hauptunterschied zwischen dNTP und ddNTP. Darüber hinaus kann dNTP einen DNA-Strang synthetisieren, während ddNTP die DNA-Polymerisation beenden kann. Daher werden ddNTPs bei der Sanger-Sequenzierung verwendet, um verschiedene DNA-Stränge mit unterschiedlichen Längen herzustellen. Während der Sanger-Sequenzierung sind sowohl dNTP als auch ddNTP enth alten.
